Arrêt maladie longue durée : la durée maximale d'indemnisation passe de 3 ans à 1 an dès octobre 2026

Ce qui change au 15 octobre 2026 pour l'indemnisation arrêt maladie longue durée

Deux décrets signés le 16 septembre 2026 et publiés au Journal officiel le 18 septembre 2026 restructurent en profondeur la durée maximale d'indemnisation des arrêts maladie liés à une ALD non exonérante. Le décret n° 2026-866 cible les salariés du régime général, du régime agricole et les clercs et employés de notaire. Le décret n° 2026-867 étend la même logique aux travailleurs indépendants, ministres des cultes, fonctionnaires de l'État et magistrats pour la part Assurance maladie uniquement.

Avant cette date, un salarié reconnu en ALD non exonérante pouvait recevoir des indemnités journalières de Sécurité sociale pendant jusqu'à 1 095 jours pour une même affection. Désormais, le plafond tombe à 1 an de date à date. Le compteur repart à zéro seulement après une reprise effective du travail d'au moins 1 an, exactement comme l'ancienne règle fonctionnait sur 3 ans pour la même affection.

Qu'est-ce qu'une ALD non exonérante ? C'est une affection nécessitant un arrêt ou des soins de plus de 6 mois, mais dont les traitements ne sont pas pris en charge à 100 % par la Sécurité sociale. En 2023, 401 000 arrêts relevaient de ce régime, pour une dépense de 3,17 milliards d'euros, avec une progression de 6 % par an. Deux motifs concentrent près des deux tiers des situations : les dépressions légères (33 %) et les troubles musculo-squelettiques (32 %).

À qui s'applique la nouvelle durée d'indemnisation maladie 2026 : tableau récapitulatif

Sources : Code du travail numérique / MCG Conseils

Le point de vigilance majeur concerne les arrêts en cours. Un salarié dont l'arrêt a débuté en mai 2026 et qui n'a pas encore atteint 6 mois au 15 octobre 2026 bascule dans le nouveau régime. En revanche, s'il est en arrêt depuis avril 2026 et que son ALD non exonérante est formellement reconnue par le médecin-conseil de la CPAM à cette date, il dépasse les 6 mois à la date charnière et conserve ses 3 ans.

Calcul des IJSS maladie : ce que vous touchez réellement

Les indemnités journalières de Sécurité sociale sont versées à compter du 4e jour d'arrêt, après un délai de carence de 3 jours. Leur montant correspond à 50 % du salaire journalier de base, lui-même calculé sur la moyenne des 3 derniers mois de salaire brut divisée par 91,25.

Depuis le décret n° 2025-160 du 20 février 2025, le plafond de rémunération retenu pour ce calcul est abaissé à 1,4 SMIC mensuel. Le montant maximum des IJSS maladie pour les arrêts débutant à compter du 1er juillet 2026 est de 42,97 € bruts par jour, soit environ 40,09 € nets après prélèvement de la CSG au taux de 6,2 % et de la CRDS à 0,5 %, soit 6,7 % au total. La CPAM verse ces indemnités en moyenne tous les 14 jours.

Pour ouvrir des droits aux IJSS, il faut avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois précédant l'arrêt (ou 600 heures sur les 12 mois précédents) et avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le SMIC horaire sur les 6 derniers mois.

Le maintien de salaire par l'employeur : ce qui disparaît quand les IJSS s'arrêtent

L'article L1226-1 du Code du travail impose à l'employeur de compléter les IJSS, sous quatre conditions cumulatives : avoir au moins 1 an d'ancienneté à la date du premier jour d'absence, transmettre l'arrêt à l'employeur dans les 48 heures, percevoir les IJSS de la CPAM, et se faire soigner sur le territoire national ou dans un pays de l'UE ou de l'EEE.

Le complément légal commence au 8e jour d'arrêt (le délai de carence employeur est de 7 jours calendaires). Pendant les 30 premiers jours indemnisés, l'employeur verse 90 % du salaire brut. Les 30 jours suivants, ce taux passe aux deux tiers. Cette durée de 60 jours augmente de 10 jours par tranche de 5 ans d'ancienneté supplémentaires au-delà de 5 ans.

Le mécanisme fonctionne sur 12 mois glissants : si le salarié a déjà été indemnisé par son employeur au cours des 12 mois précédents, les jours déjà couverts s'imputent sur la nouvelle période. Salariés à domicile, saisonniers, intermittents et intérimaires n'entrent pas dans ce dispositif légal.

La conséquence directe de la réforme : quand les IJSS s'arrêtent au bout d'1 an (au lieu de 3), le complément employeur s'éteint en même temps. Au-delà du maintien légal, c'est la prévoyance collective qui peut prendre le relais, obligatoire pour les cadres et souvent étendue aux non-cadres.

Deux cas concrets pour comprendre votre situation

Cas 1 : Fatima, en arrêt pour TMS depuis juin 2026

Fatima, aide-soignante en CDI depuis 8 ans, est en arrêt pour troubles musculo-squelettiques depuis le 3 juin 2026. Son arrêt est reconnu en ALD non exonérante. Au 15 octobre 2026, elle est en arrêt depuis 4 mois et 12 jours, soit moins de 6 mois. Elle bascule dans le nouveau régime : son indemnisation CPAM sera plafonnée à 1 an à compter du début de son arrêt, soit jusqu'au 3 juin 2027. Au-delà, plus d'IJSS ni de complément employeur légal, sauf accord de prévoyance collectif dans son établissement. Avec un salaire brut de 2 200 euros par mois, son salaire journalier de base dépasse le plafond fixé à 42,97 € : elle perçoit l'IJSS maximum pendant toute cette période.

Cas 2 : Romain, en arrêt pour dépression depuis mars 2026

Romain, technicien en CDI depuis 11 ans, est en arrêt pour dépression légère (ALD non exonérante) depuis le 10 mars 2026. Au 15 octobre 2026, il est en arrêt depuis 7 mois et 5 jours, soit plus de 6 mois. Pour bénéficier de la disposition transitoire et conserver ses droits sur 3 ans, son ALD non exonérante doit être formellement reconnue par le médecin-conseil de la CPAM à cette date. Si c'est le cas, il peut percevoir ses IJSS jusqu'en mars 2029, à condition de ne pas reprendre le travail entre-temps. Son employeur, tenu par l'article L1226-1, lui verse le complément légal pendant 80 jours : 60 jours de base, auxquels s'ajoutent 10 jours pour la tranche d'ancienneté de 6 à 10 ans et 10 jours pour la tranche de 11 à 15 ans.

Démarches à entreprendre avant et après le 15 octobre 2026

Étape 1 : Vérifier votre statut ALD Contactez votre médecin traitant ou votre médecin-conseil CPAM pour savoir si votre affection est classée en ALD exonérante ou non exonérante. La distinction est fondamentale : elle conditionne votre durée d'indemnisation.

Étape 2 : Calculer la durée de votre arrêt au 15 octobre 2026 Si vous êtes en arrêt pour une ALD non exonérante, comptez le nombre de mois écoulés depuis le premier jour de votre arrêt. Plus de 6 mois à cette date, avec une reconnaissance formelle de l'ALD par le médecin-conseil de la CPAM : vous relevez de l'ancienne règle et conservez 3 ans. Moins de 6 mois, ou ALD non encore formellement reconnue : le plafond d'1 an s'applique.

Étape 3 : Consulter votre accord de prévoyance collectif Demandez à votre service RH ou à votre représentant syndical une copie de l'accord de prévoyance de l'entreprise. Vérifiez la durée de couverture au-delà du maintien légal et le niveau d'indemnisation prévu une fois les IJSS épuisées. L'ANI du 14 novembre 2025 a renforcé les obligations de couverture pour les arrêts dépassant 90 jours.

Étape 4 : Anticiper la sortie du dispositif Si votre droit s'épuise dans les prochains mois, prenez contact avec la CPAM pour connaître les dispositifs de transition (invalidité, reconnaissance de travailleur handicapé, reclassement professionnel). Ne laissez pas la date limite passer sans préparer la suite.

En cas de refus ou de silence de la CPAM : adressez un courrier recommandé avec accusé de réception à votre caisse primaire, en demandant une réponse écrite motivée. Vous pouvez saisir le service médical de l'Assurance maladie pour contester une décision d'arrêt des IJSS. Le recours amiable précède toute action contentieuse devant le tribunal judiciaire compétent (pôle social).

Par ailleurs, depuis le 1er septembre 2026, une première prescription d'arrêt est en principe limitée à 31 jours, et une prolongation à 62 jours sauf justification médicale. Ces plafonds portent sur chaque prescription, non sur la durée totale de l'arrêt. Et depuis le 27 juin 2026, lorsque la CPAM identifie une fraude avérée du salarié pour obtenir des IJSS, elle notifie obligatoirement l'employeur, qui peut alors suspendre le versement des indemnités complémentaires.

Pour générer une lettre de mise en demeure ou consulter vos droits RH, les outils /rh/rupture-conventionnelle et /demandes/mise-en-demeure peuvent vous aider à formaliser vos démarches par écrit.

Questions fréquentes

Combien de temps suis-je indemnisé en arrêt maladie longue durée après le 15 octobre 2026 ? Si votre affection est classée en ALD non exonérante et que votre arrêt débute après le 15 octobre 2026, vous percevez des indemnités journalières pendant 1 an maximum de date à date. Si vous êtes en ALD exonérante (cancer, diabète, etc.), le plafond de 3 ans reste inchangé. Pour un arrêt ordinaire hors ALD, la règle des 360 IJSS sur 3 ans glissants s'applique toujours.

Mon employeur doit-il continuer à me verser un complément de salaire quand les IJSS s'arrêtent ? Non. Le complément légal prévu par l'article L1226-1 du Code du travail est conditionné à la perception des IJSS de la CPAM. Dès que celles-ci s'épuisent, le maintien de salaire légal cesse. Seule une convention collective ou un accord de prévoyance collectif peut prévoir une couverture au-delà.

Que se passe-t-il si je suis déjà en arrêt depuis plus de 6 mois au 15 octobre 2026 ? Vous conservez vos droits à 3 ans d'indemnisation à condition que votre ALD non exonérante soit formellement reconnue par le médecin-conseil de la CPAM à cette date. La durée de l'arrêt seule ne suffit pas : c'est la reconnaissance effective de l'ALD au 15 octobre 2026 qui déclenche la protection transitoire.

Le plafond d'1 an repart-il à zéro si je reprends le travail ? Oui, mais uniquement après une reprise effective du travail d'au moins 1 an pour la même affection. Une reprise de quelques semaines suivie d'une rechute ne suffit pas à réinitialiser le compteur.